Vous étes Jack, dans un avion afin de retourner voir vos parents, malheur; l’avion est détourné par des terroristes et s’écrase en plein milieu de la mer… à coté d’un phare. Vous arrivez bientôt dans une ville sous-marine secrète: Rapture.  Vous vous rendrez rapidement compte que tous les habitants son devenus fous et tuent tous les intrus. Vous allez faire la connaissance d’Atlas, un homme qui prétend avoir sa famille coincé dans un sous-marin. Après un grand périple vous rencontrez le dirigeant  de la citée: Andrew Ryan, il vous ordonnera de le tuer. Après ca, vous réaliseriez en fait qu’Atlas n’est qu’un traître, et Jack devra le tuer pour pouvoir remonter à la surface…